Baseado na série animada da DC, Young Justice: Legacy mostra o que aconteceu nos 5 anos que se passam entre a primeira e a segunda temporada da animação. A partir do desaparecimento de uma arqueóloga, os jovens heróis descobrem a existência das partes de uma estátua que, se reunidas, podem conferir a seu dono poderes surpreendentes. Agora, cabe a você reunir um grupo de heróis para viajar por todos os cantos da Terra-16 em busca desses fragmentos. Pelo caminho, o jogador se confronta com diversos vilões do universo criado pela editora norte-americana, em uma lista que inclui nomes famosos como Lex Luthor, Bane e o Charada.